L'infection
La chlamydiose est due à une bactérie, Chlamydia trachomatis, qui infecte les muqueuses génitales, anales, pharyngées et oculaires. C'est l'infection sexuellement transmissible bactérienne la plus fréquente dans les pays à haut revenu, avec un pic chez les 15-25 ans. Sa particularité est son caractère asymptomatique : la plupart des personnes infectées ignorent totalement qu'elles le sont, continuent à la transmettre, et ne découvrent l'infection qu'au moment d'une complication ou d'un dépistage systématique.
Où en est-on en France ?
En 2024, environ 61 100 personnes ont reçu un diagnostic de chlamydiose et un traitement en secteur privé, selon les données de l'Assurance Maladie, et 22 200 infections ont en plus été diagnostiquées dans les CeGIDD, les centres gratuits de dépistage (SpF, 2025). Le nombre de personnes diagnostiquées et traitées en secteur privé a progressé de 15 % entre 2022 et 2024, et 56 % de ces diagnostics concernent des hommes (SpF, 2025).
La hausse s'est accélérée chez les jeunes : entre 2023 et 2024, le taux d'incidence a augmenté de 13 % chez les femmes de 15 à 25 ans et de 21 % chez les hommes du même âge (SpF, 2025). Il faut lire ces chiffres avec une précision : le dépistage a lui aussi augmenté de 30 % entre 2022 et 2024, avec 3,4 millions de personnes dépistées en 2024 (SpF, 2025). Plus on cherche l'infection, plus on la trouve, et c'est précisément ce qu'il faut : une infection découverte peut être traitée.
Les points clés
| Agent | Bactérie Chlamydia trachomatis |
|---|---|
| Incubation | 1 à 3 semaines, souvent sans aucun signe |
| Formes sans symptôme | Environ la moitié des cas, chez la femme comme chez l'homme (SpF, 2025) |
| Diagnostics en France en 2024 | Environ 61 100 personnes diagnostiquées et traitées en secteur privé, plus 22 200 diagnostics en CeGIDD (SpF, 2025) |
| Délai de dépistage fiable | Environ deux semaines après le rapport à risque |
| Prélèvement | Auto-prélèvement vaginal ou premier jet d'urine ; gorge et anus si exposition |
| Guérison | Oui, par antibiotiques, en une semaine |
| Vaccin | Aucun |
Comment elle se transmet
Elle se transmet lors de rapports vaginaux, anaux et oraux non protégés, par contact entre muqueuses. Le sperme n'est pas nécessaire : un contact des muqueuses suffit. La transmission est aussi possible de la mère à l'enfant lors de l'accouchement, avec un risque de conjonctivite et de pneumonie chez le nouveau-né (OMS, 2025). Le partage de sextoys non nettoyés ou non protégés peut également transmettre l'infection.
Les symptômes
Quand ils existent, les symptômes apparaissent une à trois semaines après la contamination : écoulement clair ou trouble, brûlures en urinant, douleurs pelviennes, saignements entre les règles ou après les rapports chez la femme ; écoulement urétral et gêne à la miction chez l'homme. Les localisations anale et pharyngée sont presque toujours muettes. Mais l'essentiel est ailleurs : dans environ la moitié des cas, il n'y a strictement aucun signe, et l'absence de symptôme ne doit jamais être interprétée comme une absence d'infection. Les estimations varient selon les sources : Santé publique France retient la moitié des cas, tandis que l'ECDC, l'agence européenne, indique qu'au moins 70 % des femmes et environ la moitié des hommes (avec des estimations de 25 à 100 %) n'ont aucun symptôme en cas d'infection génitale (ECDC, 2024).
Le dépistage
Le dépistage repose sur un test d'amplification des acides nucléiques (PCR), très fiable. Chez la femme, l'auto-prélèvement vaginal est aussi performant qu'un prélèvement médical (OMS, 2025) et plus confortable. Chez l'homme, le premier jet d'urine suffit (ameli, 2025) — il faut attendre au moins une heure après la dernière miction. En cas de rapports anaux ou oraux, il faut demander expressément des prélèvements anal et pharyngé : un test urinaire seul passe à côté de ces localisations. Le résultat est fiable environ deux semaines après l'exposition.
Se faire dépister en France
Depuis septembre 2024, le dispositif « Mon test IST » permet de se faire dépister dans n'importe quel laboratoire de biologie médicale, sans ordonnance et sans rendez-vous. Il couvre cinq infections : VIH, hépatite B, syphilis, gonorrhée et chlamydiose (ameli, 2026). Avant 26 ans, l'Assurance Maladie prend en charge ces dépistages à 100 %, sans avance de frais. À partir de 26 ans, seul le test du VIH est pris en charge à 100 % ; les quatre autres le sont à 60 % par l'Assurance Maladie et à 40 % par la complémentaire santé, les participations forfaitaires et franchises restant applicables (ameli, 2026). Pour la gratuité et l'anonymat, les CeGIDD restent la solution (ameli, 2026).
Une autre voie existe pour les 18-25 ans : un kit d'autoprélèvement à domicile, commandé sur le site mon-test-ist.ameli.fr et pris en charge à 100 %, qui dépiste la chlamydiose et la gonorrhée. Ouvert aux jeunes femmes depuis le 1er juillet 2025, il est étendu depuis le 29 mai 2026 aux hommes de 18 à 25 ans, ainsi qu'aux personnes transgenres, queers ou non binaires de la même tranche d'âge (ameli, 2026).
Le traitement
Le traitement de référence est la doxycycline, 100 mg deux fois par jour pendant sept jours (ameli, 2025), plus efficace que l'azithromycine en dose unique, notamment sur les localisations anales. L'azithromycine reste utilisée en cas de grossesse ou d'impossibilité de suivre le traitement. Il faut s'abstenir de rapports pendant les sept jours du traitement et jusqu'à ce que les partenaires soient traités, sous peine de réinfection immédiate.
L'Assurance Maladie rappelle que l'infection se traite facilement par antibiotique. Une femme enceinte reçoit un traitement adapté à la grossesse, et un second antibiotique (une injection de ceftriaxone) est ajouté en cas d'infection simultanée par le gonocoque. La lymphogranulomatose vénérienne demande un traitement plus long, de trois à quatre semaines (ameli, 2025). Un nouveau test pour vérifier la guérison, trois à cinq semaines après la fin du traitement, n'est utile que dans certaines situations : grossesse, symptômes persistants ou difficultés à suivre le traitement (ameli, 2025).
Sans traitement
Non traitée, la chlamydiose remonte vers l'utérus et les trompes et provoque une salpingite, souvent silencieuse elle aussi. Les conséquences sont des douleurs pelviennes chroniques, des grossesses extra-utérines et une infertilité tubaire (OMS, 2025) : c'est la première cause d'infertilité évitable chez la femme. Le risque réel de séquelles reste toutefois mal connu : l'ECDC note que des données récentes suggèrent qu'il pourrait être plus faible qu'on ne le pensait, et cite une étude britannique estimant environ 171 cas de maladie inflammatoire pelvienne pour 1 000 infections chez les femmes de 16 à 44 ans (ECDC, 2024). Chez l'homme, elle peut provoquer une épididymite. Certaines souches particulières provoquent une lymphogranulomatose vénérienne (SpF, 2025), avec atteinte rectale sévère.
La prévention
- Le préservatif, y compris pour les rapports oraux et anaux, reste la protection principale (ameli, 2026).
- Un dépistage annuel est recommandé pour les femmes sexuellement actives de moins de 25 ans (ameli, 2026), même sans symptôme et même avec un seul partenaire ; chez l'homme, il dépend des facteurs de risque.
- Faire un test à chaque changement de partenaire, et avant d'arrêter le préservatif dans une nouvelle relation.
- Nettoyer les sextoys entre deux usages et entre deux partenaires, ou les couvrir d'un préservatif.
Après un diagnostic
- Prévenir tous les partenaires avec lesquels il y a eu des rapports pendant les douze derniers mois (ameli, 2025), les recommandations américaines retenant les deux derniers mois (CDC, 2021) ; s'il n'y a pas eu de partenaire durant cette période, prévenir le dernier partenaire (CDC, 2021).
- Les partenaires doivent être traités même si leur test est négatif ou s'ils n'ont aucun symptôme.
- Refaire un test environ trois mois après le traitement (CDC, 2021) : la réinfection est très fréquente, bien plus que l'échec du traitement.
- Profiter du diagnostic pour faire un dépistage complet : gonocoque, syphilis, VIH et hépatites.
À retenir
Un test négatif réalisé trop tôt ne veut rien dire. Si le rapport à risque date de moins de deux semaines, refaites le test plus tard plutôt que de vous fier au premier résultat.
Un peu d'histoire
Chlamydia trachomatis est d'abord connue par une autre maladie qu'elle provoque : le trachome, infection de l'œil qui rend aveugle, décrite dans le papyrus Ebers en Égypte il y a 3 500 ans. En 1907, à Java, Ludwig Halberstaedter et Stanislaus von Prowazek observent dans les cellules de la conjonctive des « inclusions » caractéristiques et proposent le nom Chlamydozoa, du grec « manteau ». Pendant un demi-siècle, on la prend pour un virus : elle ne pousse pas sur les milieux de culture habituels.
L'agent du trachome est isolé en 1957 par le microbiologiste chinois Tang Fei-fan, sur œuf embryonné. Dans les années 1960, on établit qu'il s'agit bien d'une bactérie — mais une bactérie obligée de vivre à l'intérieur des cellules —, et on comprend qu'elle cause aussi les urétrites « non gonococciques » dont on ne trouvait pas le microbe. Le diagnostic reste longtemps difficile, réservé à des laboratoires équipés pour la culture cellulaire.
Tout change dans les années 1990 avec les tests d'amplification génique, réalisables sur un simple échantillon d'urine ou un auto-prélèvement : on découvre alors l'ampleur d'une infection le plus souvent silencieuse, et les programmes de dépistage des jeunes adultes se mettent en place — l'Angleterre lance le sien en 2003. L'azithromycine en prise unique, apparue dans les années 1990, et la doxycycline restent les deux traitements de référence.
Les différences entre pays
Ce qui change d'un pays à l'autre n'est pas la bactérie ni le traitement, mais la façon dont on la cherche.
- Dépistage organisé ou non. Plusieurs pays européens et anglo-saxons recommandent un dépistage annuel systématique chez les moins de 25 ans sexuellement actifs, parfois avec envoi de kits à domicile. Ailleurs, aucun dépistage n'est proposé en l'absence de symptôme.
- Approche syndromique. Dans une grande partie de l'Afrique subsaharienne et de l'Asie du Sud, le diagnostic biologique n'est pas disponible en routine : on traite d'après les symptômes, selon des algorithmes standardisés. C'est efficace pour la personne symptomatique, mais cela laisse échapper toutes les infections muettes.
- Antibiotique de première intention. La doxycycline sur sept jours a remplacé l'azithromycine en dose unique dans la plupart des recommandations récentes, mais les protocoles nationaux n'ont pas tous été mis à jour.
- Coût. Le test est gratuit dans les structures dédiées de nombreux pays, entièrement à la charge du patient dans d'autres.
- Prélèvements extragénitaux. La recherche systématique dans la gorge et l'anus est recommandée dans certains pays et absente ailleurs, alors que ces localisations sont presque toujours asymptomatiques.